Die beiden klassizistischen, im 18. Jahrhundert von Adam Salentin Fischer entworfenen Altäre mit ihrer bemerkenswerten Marmorierung standen ursprünglich im Kiliansdom. Der linke Altar trägt heute ein Gemälde des Martyriums des heiligen Kilians, der rechte stellt die Enthauptung Johannes des Täufers dar. Diese beiden Schlüsselwerke barocker Malerei in Franken schuf Oswald Onghers im Jahr 1659.

In der linken Altarnische hängt das bedeutende Schmerzensmannkreuz aus der Zeit um 1350. Es ist das Bruderschaftsbild der Kreuzbruderschaft und erwuchs aus der eucharistischen Frömmigkeit des Mittelalters. Gegenüber des Kreuzes ist eine Madonna mit Kind von Tilman Riemenschneider aus dem Jahr 1493 zu sehen. In den beiden rückwärtigen Nischen, die zur Kiliansgruft führen, befinden sich drei spätgotische Steinplastiken der Frankenapostel vom Scherenbergtor der Festung Marienberg sowie eine italienische Figur eines segnenden Papstes aus dem 14. Jahrhundert – ein Hinweis auf Papst Zacharias, unter dem die Diözese gegründet wurde. In den Stuckrahmen über den vier Nischen hängen Gemälde der Propheten Daniel, Ezechiel, Jeremia und Jesaja von Markus Fräger.

Der Altarbezirk steht in der Tradition des alten Kreuzaltars. Ausstattung, Buchstele sowie den Taufstein im Kuppelbereich entwarf Jürgen Lenssen, der Osterleuchter am Taufstein stammt von Herbert Mehler. Die beiden mächtigen Messingleuchter stiftete der Chorherr Jakob Hack, genannt Thil von Suhl, im Jahre 1540. Die Mauer zum Hochchor schließen die Büsten der Frankenapostel von Heinz Schiestl ab, die dieser 1910 nach den Vorbildern von Tilman Riemenschneider kopierte. Die Originale wurden während des Brands 1945 ein Raub der Flammen. An den Pfeilern zur Vierung finden sich Reste der romanischen Halbsäulen, die wie im Dom die Arkaden schmückten.

Den Stuck im Chor- und Vierungsbereich, der seinesgleichen sucht, schuf ein unbekannter Meister um das Jahr 1720. Bei seiner Arbeit verwandte er vor allem architektonische Versatzstücke, die den Raum optisch weiten. Das runde Fresko der Geistsendung in der Vierung malte Oskar Martin-Amorbach in den 1950er Jahren völlig neu, während er die Dreifaltigkeitsdarstellung des Chorjoches lediglich restaurierte. Die Darstellung der Geistsendung galt den sich darunter versammelnden Chorherren als Vorbild. Die beiden Querhausarme zeigen Fresken der Auferweckung des Lazarus sowie die Heilung eines Gelähmten – beide Wunder werden nur im Johannes-Evangelium überliefert.